今年，台军将领内部多次发生人事大变动，陆海空三军“司令”一次全换，多名军官得到升迁。频率之高，范围之广，在台军历史上十分罕见。

　　1月1日，由“核定”的将级人员年度定期晋任名单生效，李铭藤少将等七人晋任中将，潘其岳上校等三十七人晋任少将，其中还出现台军首位作战兵科的女性将官。这些将官绝大部分都来自的嫡系部队，尤其许多人都是前台军“总政战局局长”、当时任“海军总司令”陈邦治的亲信。

　　此举显示了继续拉拢台湾女性和基层台军的企图，同时也表现出其借提拔外岛籍将领稳定金马澎形势的想法。

　　海陆空三军“总司令部”及“总政治作战局”的名称于元旦正式实施更换，“总”字被取消。台军方称，相关变革是奉核定办理的。

　　从左至右依次为：台湾新任陆军司令胡镇埔、海军司令林镇夷、空军司令沈国祯。

　　2月10日，台“国防部”正式宣布，台陆海空三军“司令”将一次全部换新，同时还有多位上将、中将职位将一并调整，这是在台军成军以来十分罕见的大变动。台陆军“司令”由台当局“国防部政治作战局局长”胡镇埔上将调升；台海军“司令”由台当局“国防部副参谋总长”林镇夷上将调任；台空军“司令”由现任台空军副司令沈国祯中将升任，沈国祯并晋升空军二级上将。现任台陆军“司令”朱凯生、海军“司令”陈邦治、空军“司令”刘贵立均调任办公室战略顾问。

　　被视为“拥护领导中心化妆师”的台当局政战系统，此次至少有6人获得晋升：办公室“侍卫长”何雍坚、台当局“国安会秘书处长”王世涂、台当局“国防部军法司长”刘国栋、台陆军第6军团副司令丘国正、台军后备司令部参谋长李铭藤、台当局“国防部后勤次长”李明范等都将晋任台军中将。

　　2月15日，台军第三波高级将领调动正式定案。台陆军副参谋总长一职由台陆军原副司令赵世璋中将升任、原任台军金防部司令吴达澎中将调升台当局防卫部门“政战局局长”之后，台军金防部司令由台当局防卫部门“人事次长”杨天啸中将升任；“人事次长”一职由台军花东防卫司令李清国中将升任；台军花东防卫司令一职则由台陆军第八军团副司令赵希平中将升任。

　　据台当局领导人3月27日核定，曾任的“侍卫长”、现任台“军情局长”彭胜竹将于4月1日接任台当局“国防部副参谋总长”，并晋升二级上将。这项人事也带动其他台军高层人事调整。

　　近年来，“军情局长”一职已成晋升上将的跳板，包括薛石民、戴伯特、余连发都因此职务而升上将，台湾“军情局长”一职形同走马灯，往年罕见。

　　4月4日，台当局“国防部”军事发言人正式换人，由吴季方接替刘志坚。同时还有“海军常务次长”、“助理情报次长”等都调任更重要的职务，这几位都和台当局“国防部长”李杰有深厚关系。

　　6月1日，台军发生人事调动，最大的特点是海军陆战队系统出来的人越来越受重用，占据了台军的重要职位。这跟特别重视陆战队有关。

　　6月22日，台军方发言人表示，经核定后，台军将擢升邱国正等13人为中将，王天宇等45人为少将。这是上任台湾地区领导人以来第13次提拔将领（一年两次），这次提拔的人数较去年同期的55人还多出3人。

　　6月26日，亲自出席2006年上半年台军将领晋升典礼。台军上半年将领晋升向例在6月底举行，这次提前到6月26日，刚好在“立法院”表决罢免案前一天，“国防部”称，日期不是他们决定的，是配合“总统”行程。晋升典礼前，晋升将领家属被要求注意礼节，到场时，一定要热烈鼓掌。

　　8月初，台军陆、海、空军官校校长、教育长、政战主任编阶提前降编。曾任侍卫长的申伯之，去年12月才调任海官校长，此次调升“海军副司令”，等于拿到下一步晋升“上将”副参谋总长的候选资格。海官校长则由首任海军武官、海军舰队指挥部参谋长王长锐接替。

　　申伯之是的第四任侍卫长，之前的三位侍卫长也是官运亨通。首任余连发现为“后备司令”，第二任彭胜竹现任副参谋总长，两人都晋升“上将”；第三任陈再福因“319枪击案”遭到“弹劾”，改调陆军总部战技委员，以“中将”退伍。由于在调整中任人唯亲、提拔亲信，引起了台军将领的强烈不满与反弹。